Загоракис много лет был капитаном сборной Греции. Свой первый матч он сыграл 7 сентября 1994 года против сборной Фарерских островов. 26 апреля 1995 года забил гол в свои ворота в домашнем матче греков против сборной России в рамках отборочного турнира к чемпионату Европы 1996 года, сделав счёт 2:0 в пользу россиян. Сборная России выиграла тот матч — 3:0[3].
Он сыграл большую роль в победе сборной Греции на чемпионате Европы 2004 года и был назван лучшим игроком турнира. 17 ноября 2004 года он провел свой 100-й матч за национальную команду, а в своей 101-й игре открыл счёт голам за сборную. Загоракису принадлежит рекорд Греции по числу игр за сборную и по количеству игр подряд (он не пропустил ни одного матча национальной команды в течение 12 лет). 22 августа 2007 года он сыграл последнюю игру за сборную в матче против сборной Испании.
С июля 2007 года — президент клуба ПАОК[4]. Занимал эту должность до 2012 года[2].
В мае 2014 года был выбран депутатом от Греции в Европарламент. В 2019 году был переизбран[2].
Александр Скворцов.Греция-2004. Где они сейчас?(рус.) Sports.ru (11 марта 2014). — «Загоракис закончил карьеру в 2007 и сразу стал ни много ни мало президентом ПАОКа, находившегося в глубоком финансовом кризисе». Дата обращения: 2 апреля 2014. Архивировано 14 марта 2014 года.
Chaplin, Mark (5 июля 2004). Zagorakis is Euro's finest. Lisbon: UEFA.com (Union of European Football Associations). Архивировано из оригинала 7 июля 2004. Дата обращения: 5 июля 2012.