Свою карьеру Тунджай Шанлы начал в 2000 году, играя за местный «Сакарьяспор», в котором провёл 66 игр и забил 32 мяча. За клуб выступал до 2002 года, а затем Шанлы перешёл в «Фенербахче», где в основном играл роль центрального нападающего. За клуб провёл 154 игр и забил 59 мячей. Вместе с «Фенербахче» он становился трёхкратным чемпионом Турции. Тунджай стал первым турецким футболистом, сумевшим сделать хет-трик в Лиге чемпионов, соперником тогда был «Манчестер Юнайтед». В турецком клубе Тунджай получил прозвище «Храброе Сердце»[источник не указан 4533 дня].
В 2007 году Тунджай перешёл в английский «Мидлсбро»[2], в котором он провёл 68 матчей и забил 16 мячей. 28 августа 2009 года Тунджай подписал контракт со «Сток Сити». «Мидлсбро» получил за турка компенсацию в размере 5 миллионов фунтов стерлингов[3]. 31 января 2011 года Шанлы присоединился к немецкому «Вольфсбургу». Сумма трансфера составила больше пяти миллионов евро[4]. 12 августа 2011 года перешёл в английский «Болтон Уондерерс» на правах аренды сроком на один сезон[5].