Тысячелистник голый — узкоареальный эндемик. Это один из редчайших видов на планете[1]. В естественном виде он встречается на гранитных обнажениях "Бесташ-горы" только на территории заповедника Каменные могилы. Растёт на гранитных скалах и расщелинах на площади 4 км и среди петрофитной растительности. Растёт как отдельными растениями, так и группами.