Себастьян воспитанник футбольной академии «Сантьяго Уондерерс» в которую он пришёл в возрасте 13 лет. 22 июня 2008 года в матче против «ФК Артуро Фернандес Виаль» он дебютировал в основной команду. Постепенно начиная с сезона 2009 года Убилья начал привлекаться к играм за основной состав. В 2011 году он стал основным нападающим клуба, приняв участие в 31 матче чемпионата и забив 6 мячей. В сезоне Клаусуры 2012 Себастьян отличился 11 раз в 15 матчах.
Летом 2012 года Убилья подписал контракт с сильнейшим клубом чемпионата Чили, командой «Универсидад де Чили». 17 июля в матче против «Ла Серены» он дебютировал в новом клубе[1]. 7 октября в поединке против «Антофагасты» Себастьян сделал дубль, забив свои первые мячи за команду[2]. В первом сезоне Убилья выиграл чемпионат страны, сыграв 10 матчей и забив 4 мяча.
