C 1991 служит в рядах Национальных вооружённых сил Латвии[2]. Гунар Упитис был начальником различных военных подразделений Земессаргс (3-й бригады оперативной части, 31-й роты батальона, командир штаба 3-й бригады)[2]. После окончания учебы в Балтийской оборонной академии назначен проректором Национальной академии обороны, с 15 апреля 2005 по 25 сентября 2009 ректором[2]. В 2007 году назначен командиром латвийского военного контингента в Косово[1].