В 2011—2014 годах команда «Уфа-2» параллельно с участием во внутриреспубликанских соревнованиях (в 2012 и 2013 годах выигрывала кубок Башкортостана, а также занимала 2-е (2013) и 3-е (2012) места в чемпионате республики) принимала участие в первенстве России среди любительских футбольных клубов в зоне «Урал и Западная Сибирь» (в сезонах 2012/13 и 2013 под названием «Уфа»-Д).
После выхода в 2014 году главной команды в РПЛ (высший дивизион чемпионата России) появилась информация о возможном участии второй команды во втором дивизионе[1], однако в итоге этого не случилось, и вторая команда преобразовалась в молодёжную команду, участвующую в молодёжном первенстве клубов РПЛ.
В апреле 2018 года стало известно о принятии решения по созданию фарм-клуба «Уфы», который должен заявиться в Первенство ПФЛ. Основу «Уфы-2» составили футболисты молодёжной команды[2]. Команда «Уфа-2» была включена в состав команд-участниц Первенства ПФЛ сезона 2018/19 годов в зону «Урал-Приволжье»[3][4].