Наиболее известна своим сотрудничеством с композитором Микисом Теодоракисом, которое началось ещё в 1965 г., когда Фарандури записала первый диск с вокальным циклом Теодоракиса «Маутхаузенская баллада». За ним последовали «Цыганский романсеро» на стихи Федерико Гарсиа Лорки, «Всеобщая песнь» на стихи Пабло Неруды и многие другие совместные работы.