FAI была основана в 1927 году в Валенсии, с целью не допустить бюрократизации CNT и активного противодействия установившемуся в Испании диктаторскому режиму Мигеля Примо де Риверы.
Значительная влияние FAI на испанское анархо-синдикалистское движение привело к тому, что ряд умеренных членов CNT во главе с Анхелем Пестанья ушли в созданную ими Синдикалистскую партию. В 1936 году поспособствовали победе Народного Фронта на выборах взамен на освобождение многих заключённых анархистов.
FAI сыграла значительную роль в Испанской гражданской войне на стороне республиканцев. К началу войны в FAI состояло порядка 300 000 человек[1]. В ходе гражданской войны подвергали критике сотрудничество анархо-синдикалистов с республиканским правительством.
Во время правления Франциско Франко продолжали нелегальную деятельность.
После смерти Франко и либерализации режима в Испании FAI продолжила свою деятельность. Хотя участники организации одновременно состоят и в CNT, членство в FAI является секретным[2].