Фернандо — воспитанник клуба «Валенсия» из своего родного города. 15 января 1984 года в матче против «Вальядолида» он дебютировал за команду. В сезоне 1986/1987 Гомес помог клубу выйти в элиту. В 1989 году он был признан футболистом года в Испании по версии журнала Don Balon. Фернандо дважды помогал «Валенсии» завоевать серебряные медали Ла Лиги, а также был капитаном команды. В составе «летучих мышей» он провёл 15 сезонов и стал одним из рекордсменов клуба по количеству забитых мячей, забив 142 гола во всех соревнованиях.
Летом 1998 года Гомес перешёл в английский «Вулверхэмптон Уондерерс». Он покинул «волков» по окончании сезона, вернувшись на родину в клуб «Кастельон». По окончании года Гомес завершил карьеру футболиста в возрасте 35 лет.
