Феррейра воспитанник футбольного клуба «Серро Портеньо». В 1989 году он дебютировал за основную команду в парагвайской Примере. В клубе Виригилио отыграл 7 сезонов и четырежды стал чемпионом Парагвая.
Летом 1996 года он перешёл в испанский «Реал Бетис». Сумма трансфера составила 2 млн евро. Из-за высокой конкуренции Феррейра не мог долгое время дебютировать в Ла Лиге и попросил руководство новой команды об аренде или трансфере в другой клуб. Последующие три сезона Виргилио провёл выступая за «Эстремадуру» и «Рекреативо». В 1999 году он вернулся в Южную Америку, где подписал контракт с мексиканской «Америкой», но дебютировать в Лиге MX ему так и не удалось. В 2001 году Феррейра вернулся в родной «Серро Портеньо», в составе которого он провёл отличный сезон и заслужил приглашение в национальную команду.