В первой половине 1666 года присутствовал на соборе святителей о раскольниках, а в декабре того же года на соборном судепатриарха Никона.
В январе 1667 года участвовал в соборе о разных церковных учреждениях, в декабре этого же года находился на чреде священнослужения в Москве.
Архиепископ Филарет был ревнитель православия, он обратил католический костёл в православный собор. Восстановил Спасо-Авраамиев и Вознесенский монастыри в Смоленске, много пострадавшие от католиков. Ему принадлежит мысль о постройке нового обширного кафедрального собора.