Филипп успешно защищал епархию Фрайзинга во время беспорядков крестьянской войны в Германии. Ему удалось удержать баварских князей от вмешательство в политику епископства. Он инициировал много строительных проектов в епархии.
В 1512 году он был назначен коадъютором епископа Наумбурга Иоганна III фон Шёнберга. После смерти Иоганна Филипп был назначен епископом Наумбурга. Он пробыл в Наумбурге десять месяцев. После этого его основной резиденцией снова стал Фрайзинг, в то время как Наумбургом в основном управляли его администраторы. Поскольку он пользовался расположением дома Веттинов, он умеренно относился к Мартину Лютеру. После смерти курфюрст Саксонии Фридриха III и растущей оппозиции граждан Наумбурга и Цейца, Филипп больше не приезжал в епископство. Он устал от управления и пытался найти себе преемника.
Филипп Пфальцский был похоронен в Фрайзингском соборе.