Указом Президиума Верховного Совета от 31 июля 1986 года за мужество и героизм, проявленные при оказании интернациональной помощи Демократической Республике Афганистан капитану Филипченкову Сергею Викторовичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 11545).
По возвращении из Афганистана в свой полк офицер-вертолётчик возглавил вертолётное звено. Принимал участие в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. Избирался делегатом XX съезда ВЛКСМ. Окончил Военно-воздушную академию имени Ю. А. Гагарина. Является одним из учредителей и участником Фонда «Региональный общественный Фонд поддержки Героев Советского Союза и Героев Российской Федерации имени генерала Е. Н. Кочешкова».
Награждён орденами Ленина, Красной Звезды, «За службу Родине в Вооружённых Силах СССР» 3-й степени.