Флорес — воспитанник клуба «Сан-Хосе Оруро» из своего родного города. В 2000 году он дебютировал за команду в чемпионате Боливии. В клубе Вальтер провёл шесть сезонов и сыграл более ста матчей. В 2006 году Флорес покинул родную команду и немного поиграл за «Реал Потоси». По окончании сезона он перешёл в «Стронгест». В 2009 году Вальтер подписал контракт с клубом «Боливар». В первом же сезоне он помог новой команде выиграть чемпионат. 21 апреля 2010 года в поединке Кубка Либертадорес против перуанского «Хуан Аурич» Вальтер забил свой первый гол за клуб[1]. 27 февраля 2011 года в матче против «Гуабиры» Флорес забил свой первый гол за «Боливар» в чемпионате[2]. В составе команды он ещё четыре раза стал чемпионом страны.
.svg){kind=link}