Флу начал профессиональную карьеру в клубе «Согндал». В 2006 году он дебютировал за команду в Суперэттане. Вместе в «Согндалом» Пер-Эгил несколько раз вылетал и возвращался в Типпелигу. Летом 2013 года он перешёл в «Мольде. 27 июля в матче против «Лиллестрёма» Флу дебютировал за новую команду[3]. В первом же сезоне Пер-Эгил стал обладателем Кубка Норвегии. 4 мая 2014 года в поединке против «Русенборга» он забил свой первый гол за «Мольде»[4]. В том же сезоне Флу помог команде выиграть чемпионат, а также во второй раз стал обладателем национального кубка.