Фрайбург II большую часть своей истории выступал в низших любительских лигах. С 1983 по 1986 год клуб три сезона выступал в Фербандслиге Южного Бадена; в этом турнире наилучшим результатом стало третье место в 1985 году, но затем клуб понизился и возвращение в этот дивизион состоялось только в 1994 году. В 1998 году команда повысилась в Оберлигу Баден-Вюртемберг после победы в Фербандслиге.
Фрайбург II провел в Оберлиге следующие десять сезонов в качестве команды верхней части турнирной таблицы, никогда не занимая места ниже первой семерки, после чего победа в турнире вывела команду в Региональную лигу «Юг». После четырех сезонов Фрайбург II в 2012 году после преобразования стал клубом региональной лиги «Юго-Запад»[2]. После седьмого места в своем первом сезоне клуб занял второе место в сезоне 2013/14, но отказался от права участвовать в стыковых матчах за право сыграть в Третьей лиге и остался в четвёртом дивизионе[3]. В сезоне 2015/16 клуб снова вылетел в Оберлигу Баден-Вюртемберг, но уже через сезон снова вернулся в региональную лигу[2].
После ничьей 1:1 с «Эльферсбергом» 5 июня 2021 года[4] «Фрайбург II» впервые в своей истории повысился в Третью лигу[5].