Фратта — воспитанник клуба «Дефенсор Спортинг». 6 сентября 2015 года в матче против «Данубио» он дебютировал в уругвайской Примере[2]. В этом же поединке Гильермо забил свой первый гол за «Дефенсор Спортинг».
С 2016 по 2020 год Фратта выступал за «Бостон Ривер», за который провёл более 100 матчей в уругвайской Примере. В 2020 году перешёл в «Рентистас», с которым в том же сезоне занял второе место в чемпионате, что является лучшим достижением в истории клуба.
