В 2013 году Баэс на правах аренды перешёл в «Толуку». 7 января в матче против своей бывшей команды «Гвадалахара» он дебютировал за новый клуб[5].
В 2014 году Хавьер подписал контракт с «Крус Асуль». 5 января в матче против «Монтеррея» он дебютировал за команду[6]. По итогам сезона он завоевал Кубок чемпионов КОНКАКАФ. В начале 2016 года Баэс присоединился к клубу «Некакса». 10 января в матче против «Атланте» он дебютировал в Лиге Ассенсо[7]. В этом же поединке Хавьер забил свой первый гол за «Некаксу». По итогам сезона он помог команде выйти в элиту.
24 октября 2018 года Баэс подписал трёхлетний контракт с новообразованным клубом «Остин Боулд»[8] из Чемпионшипа ЮСЛ, второго по уровню дивизиона США. В первом матче в истории клуба — в поединке против «Лас-Вегас Лайтс», состоявшемся 9 марта 2019 года, он вышел в стартовом составе и отыграл все 90 минут[9]. 29 июня 2019 года в матче против «Колорадо-Спрингс Суитчбакс» он забил свой первый гол за «Остин Боулд»[10].
