Хагберг начал карьеру в клубе «Ландскруна». В 1966 году он дебютировал за основной состав. В 1969 году Ёран перешёл в «Эстер». В 1977 году он помог клубу завоевать Кубок Швеции, а спустя год выиграть чемпионат. В 1980 году Хагберг принял приглашение клуба «Алвест», где был играющим тренером. В 1982 году Ёран ненадолго вернулся в профессиональный спорт, сыграв 10 матчей за АИК. После этого он выступал за малоизвестные команды «Юнгбю» и «Карлскруна». В 1984 году Хагберг принял решение завершить профессиональную карьеру.
