Родился 1 июля1956 года в Карачи. Хусейн Хаккани имеет большой опыт работы журналистом, дипломатом и советником трёх пакистанских премьер-министров. Он приехал в США в 2002 году в качестве приглашённого ученого в Фонд Карнеги за Международный Мир в Вашингтон, затем был адъюнкт-профессором в Школе перспективных международных исследований при Университете Джонса Хопкинса.
В Карачи Хаккани изучал традиционное исламское учение, а также получил современное образование в области международных отношений. Его карьера началась в журналистике с работы в качестве корреспондента The Islamic World Review (освещал события после иранской революции). В этот период он много писал про мусульман в Китае и Восточной Азии и про исламские политические движения. Позже, как пакистанский корреспондент Far Eastern Economic Review, он освещал гражданскую войну в Афганистане и приобрёл глубокое понимание целей боевиков исламистских групп джихада.