Ван дер Хейден начал карьеру в клубе «Беверен». В сезоне 1987/1988 он дебютировал в Жюпиле лиге. В 1990 году его команда вылетела во второй дивизион, но уже через год клуб вернулся обратно. Летом 1991 года Стефан перешёл в «Брюгге». В 1992 году он помог новой команде выиграть чемпионат Бельгии. В 1995 году ван дер Хейден стал обладателем Кубка Бельгии, а через год повторил успех и во второй раз стал чемпионом.
Летом 1996 году Стефан перешёл в нидерландскую «Роду». Он быстро завоевал место в основе и через год помог команде выиграть Кубок Нидерландов. В 1997 году ван дер Хейден выступал на правах аренды за французский «Лилль». После окончания аренды он ещё год выступал за «Роду».
В 1999 году Стефан вернулся на родину, где ещё три сезона выступал за «Беерсхот» и «Каппеллен». В 2002 году он завершил карьеру футболиста.
.svg){kind=link}
