С 2001 по 2003 год была главным тренером американской женской команды «Лонг-Айленд Раф Райдерс[англ.]» на острове Лонг-Айленд в штате Нью-Йорк, игравшей в USL W-League[англ.]. В течение этого периода Эмма Хейз была самой молодой женщиной среди главных тренеров в W-League. По итогам сезона 2002 года Эмма Хейз была названа Тренером года W-League[3].
В 2008 году вернулась в США. С 2008 года по 24 мая 2010 года была главным тренером женского клуба «Чикаго Ред Старс», выступавшего в Women’s Professional Soccer. Также была директором клуба по футбольным операциям[3].
В августе 2012 года сменила Мэтта Бирда[англ.] на должности главного тренера женского клуба «Челси» в Фулеме. В 2014 году «Челси» занял второе место в Женской суперлиге Футбольной ассоциации. В 2015 году Эмма Хейз привела «Челси» впервые к Кубку Англии по футболу среди женщин и титулу чемпиона в Женской суперлиге Футбольной ассоциации[3].
В июне 2016 года была внесена в список наград королевы по случаю 90-летия со дня рождения и стала кавалером Ордена Британской империи в декабре следующего года[3].