Хейлен — воспитанник клубов «Беерсхот» и «Андерлехт». В 2012 году Михаэль был включён в заявку последнего. Летом 2013 года для получения игровой практики он на правах аренды перешёл в «Кортрейк». 14 сентября в матче против «Гента» Хейлен дебютировал в Жюпиле лиге[4]. После окончания аренды Михаэль вернулся в «Андерлехт». В матче против «Серкль Брюгге» он дебютировал за основной состав. Летом 2016 года Хейлен вновь был отдан в аренду, его новым клубом стал «Вестерло». 10 сентября в матче против своего бывшего клуба «Кортрейка» он дебютировал за новую команду[5].
В августе 2019 года перешёл в нидерландский клуб «Эммен»[6].
В июле 2022 года вернулся в «Эммен», подписав с клубом двухлетний контракт[7].