Летом того же года Мерсьер вернулся на родину, его новым клубом стал «Сан-Лоренсо». 5 августа в матче против «Сан-Мартина» он дебютировал за новый клуб[4]. 24 июля в полуфинале Кубка Либертадорес против боливийского «Боливара» Хуан забил свой первый гол за команду и помог своему клубу впервые в истории выйти в финал турнира[5]. В данном розыгрыше Мерсьер провёл все матчи своей команды в стартовом составе и стал обладателем трофея.
Летом 2018 года Хуан подписал контракт с «Атлетико Тукуман». 14 августа в матче против «Расинга» из Авельянеды он дебютировал за новую команду[6].