Фермент располагается в митохондриальном матриксе эукариот, однако кодируется ядерным геномом. Синтез осуществляется на рибосомах цитоплазмы, а затем синтаза цитрата транспортируется в матрикс митохондрии.
12Weigand, Georg, and Steven J. Remington (1986). «Citrate Synthase: Structure, Control, and Mechanism.» Ann. rev. Biophys. Biophys. Chem. Pg 98 [1]Архивная копия от 18 октября 2019 на Wayback Machine