18 января 2025 года ФК «Челябинск» официально заявил о создании фарм-клуба[1].
8 февраля 2025 года «Челябинск-2» провёл первый контрольный матч против молодёжного состава «Урала», итогом стала ничья 2:2[2].
22 февраля 2025 года клуб начал участие в турнире под названием «Кубок Шафигулина — 2025», результаты неизвестны[3].
24 февраля 2025 года «Челябинск-2» занял второе место в одноматчевом турнире под названием «Кубок Владимира Хитрина» уступив 3:1 миасскому «Торпедо»[4].
Ранее, с сезона 2019 года, в Первенстве России среди ЛФК в зоне «Урал и Западная Сибирь» участвовала команда «Челябинск-М»[6]. «Челябинск-2» основан на базе этой команды[5]. В 2025 году в любительском первенстве и кубке Урала и Западной Сибири играет команда «ОСШ-Челябинск-М»[7].