В 1866 году был избран в Санкт-Петербургском уездном земском собрании участковым мировым судьёй; позже в течение 28 лет был непременным членом и председателем съезда мировых судей, членом училищного совета, попечителем народных школ. Участвовал в трудах губернской земской комиссии «для исследования условий, вредно влияющих на экономическое население СПб. губернии».
В 1881 году в дворянском собрании Санкт-Петербургской губернии поднял вопрос о прекращении административной высылки; А. В. Богданович в своём дневнике
В дворянском собрании один дворянин Шакеев говорил речь против административной ссылки, предлагал просить государя ее окончательно уничтожить. Вот дух времени!
На третьем году после смерти жены, 16 января 1880 года Е. А. Шакеев женился вторично — на дочери действительного статского советника М. Б. Чистякова, Евгении Михайловне (1859—?).