Шемокмедская епархия с центром в монастыре Шемокмеди была основана в XV веке и являлась одной из трёх епархий Гурийского княжества. После смерти митрополита Иосифа (Такаишвили) в 1794 году епископская кафедра была упразднена.
Батуми-Шемокмедская епархия с кафедрой в Батуми была образована в 1917 году после восстановления автокефалии Грузинской православной церкви вместо Гурийско-Менгрельской епархииГрузинского экзархата Русской православной церкви. Охватывала территорию Аджарии и часть Восточной Грузии[1].