В 2008—2010 годах — тренер команды футболистов 1999 года рождения, а также молодёжной команды московского «Динамо».
В 2010—2011 годах работал тренером в УОР «Мастер-Сатурн» Егорьевск.
С осени 2011 года — тренер команды футболистов 1999 года рождения в футбольной академии «Строгино».
С начала ноября 2013 года — тренер команды футболистов «Строгино» 2001 года рождения, в которой играет его сын — Степан Шерстнёв.
В 2014—2016 главный тренер сборных команд Москвы 1998—2001 г.р. с которыми неизменно становился призёром соревнований в которых участвовал.
C ноября 2016 по июня 2018 года — главный тренер клуба «Строгино».
В 2017 принял участие в дебютном режиссёрском проекте Данилы Козловского — фильме «Тренер» — в качестве тренера, консультанта, постановщика футбольных сцен и в роли главного тренера «Спартака».
В 2020 году — главный тренер молодёжной команды московского «Динамо». В 2021—2023 годах — главный[3] тренер[4]ФК ФШМ (Москва). В январе 2023 года также стал тренером медиафутбольной команды «Метеор»[5].
В конце июня 2023 года покинул ФШМ[6] и возглавил футбольный клуб «Сахалинец»[7].
Победитель «Кубка РФС 2016» с командой Строгино 1999 г.р.[11][12]
Примечания
Шерстнев Алексей Михайлович. fcdinamokirov.ru. Официальный сайт футбольного клуба «Динамо» Киров. Дата обращения: 2 июня 2021. Архивировано 26 февраля 2020 года.
dynamost.ru. Дата обращения: 2 июня 2021. Архивировано из оригинала 26 февраля 2020 года.