Якуб Шиманьский является воспитанником футбольной академии столичного клуба «Полония». Но в основе варшавского клуба футболист так и не сыграл ни одного матча. А перед сезоном 2020/21 Шиманьский присоединился к клубу Экстракласы «Гурник» из города Забже[1]. Дебют футболиста в высшем дивизионе польского футбола состоялся в сезоне 2021/22[2].
Зимой 2023 года Шиманьский перешёл в клуб «Висла» (Плоцк)[3]. По результатам сезона «Висла» выбыла в Первую лигу, но футболист остался в команде.