Первым профессиональным клубом для Владимира Шишкина стал «Локомотив-Изумруд», в составе которого либеро провел шесть сезонов. После выступал за «Факел», с которым завоевал Кубок вызова-2017. Затем два сезона Шишкин отыграл в «Динамо-ЛО».
В мае 2020 года стал игроком команды «Кузбасс»[1].