После Кристиан Эрнст был научным сотрудником у Юлиуса фона Сакса в Вюрцбургском университете, где он защищал диссертацию по ботанике в 1877 году. В Вюрцбурге возникли его работы об образовании лишайников. В 1877 году он был приват-доцентом, а в 1880 году адъюнкт-профессором в Страсбурге. В 1881 году Шталь получил приглашение на кафедру ботаники в Йенском университете имени Фридриха Шиллера, где он стал также директором Ботанического сада[6].
Зимой 1889—1890 годов Кристиан Эрнст совершил научную экспедицию на Цейлон и Яву. Он также совершил научную экспедицию в Мексику.
Кристиан Эрнст Шталь умер в городе Йена 3 декабря 1919 года.