Шульц начинал карьеру в клубах «Неттлинген», «Зулинген» и «Зике», после чего провёл три года за «Ольденбург» в Оберлиге — тогда третьей лиге Германии.
В 1997 года Шульц перешёл «Кайзерслаутерн», где в 26 лет начал профессиональную карьеру. В 1989 году Михаэль подписал контракт с дортмундской «Боруссией». В её составе он стал вице-чемпионом Германии в 1992 году и дошёл до финала Кубка УЕФА в 1993 году. В 1994 году Шульц стал игроком «Вердера», с которым в сезоне 1994/95 стал вице-чемпионом страны.