Начал карьеру в «Академии Тольятти». В сезоне 2013/14 года завоевал золотые медали первенства ПФЛ в составе ФК «Тюмень».
В сезоне 2014/15 года выступал за «СКА-Энергию» из города Хабаровск. Летом 2016 года перешёл в команду высшей Латвийской лиги ФК «Рига», где провёл 10 матчей. В феврале 2017 года подписал контракт с футбольным клубом «Авангард» (Курск). В июле 2017 года подписал контракт с воронежским «Факелом», из которого во второй половине сезона отправлялся в аренду в словакский «Земплин»[1].
В июле 2023 года Сергей Шумейко был назначен на должность спортивного директора в ивановском «Текстильщике»[2].