Начало ВОВ встретила в составе 12-го дивизиона подводных лодок 1 отдельной дивизии подводных лодок ТОФ в Находке.
Начало боевых действий против Японии 9 августа1945 года «Щ-129» встретила в составе 12 дивизиона 4 бригады подводных лодок с базированием в Находке. В боевых действиях не участвовала.