Родилась 13 октября1881 года в Субизе в семье мелкого торговца. В 1904 году окончила женский Педагогический институт (Высшая нормальная школа) в г. Севр и преподавала в нём, занимаясь наукой. В 1936 — 1941 годах директор, с 1945 года — почётный директор института. Была ученицей и сотрудницей М. Склодовской-Кюри и П. Кюри.
Научную известность приобрела после защиты в 1925 году докторской диссертации на тему о магнитных свойствах солей в твёрдом состоянии. Участница движения Сопротивления (1940 — 1944). Участница всемирного Движения сторонников мира (1949) (в 1950 году стала вице-председателем, в 1959 году — член Президиума ВСМ).
В её честь назван кратер Коттон на Венере. В Анапе в 1972-1996 годах один из санаториев (ул. Пушкина, 1) носил имя Эжени Коттон (в 1996 перерегистрирован в ЗАО «Санаторий „Русь“»). У санатория был установлен её бюст.
Храмов Ю. А. Коттон Эжени (Cotton) // Физики : Биографический справочник / Под ред. А. И. Ахиезера. — Изд. 2-е, испр. и доп. — М. : Наука, 1983. — С. 142. — 400 с. — 200 000 экз.