Анна Экнер родилась в городе Росток, ГДР. Тренировалась на базе клуба «ESV Turbine Rostock», Росток.
Первым соревнованием на международной арене для Экнер стал чемпионат Европы по шорт-треку 1998 года в венгерском городе — Будапешт.В финальном забеге эстафеты на 3000 м немецкие шорт-трекисток с результатом 4:26.903 пришли третьими, уступив более высокие позиции соперницам из Нидерландов (4:26.246 — 2-е место) и Италии (4:25.090 — 1-е место)[2][3][4].