Эстигаррибия начал игровую карьеру в молодёжном клубе «Унион Пасифико». В дальнейшем играл в клубе Дивисьон Интермедиа «Спорт Колумбия», после чего был замечен скаутами клуба Примеры «Серро Портеньо», где в дальнейшем Марсело отыграл три года.
В 2008 году игрок был куплен французским клубом «Ле-Ман» за сумму в 3 млн долларов[3].
26 августа2011 года Эстигаррибия прошёл медобследование в «Ювентусе» и присоединился к туринскому клубу на правах аренды с возможностью выкупа итальянцами прав на игрока за 5 млн евро. «Депортиво Мальдонадо» получил за полузащитника 500 тыс. евро[6][7][8][9]. 29 ноября он забил первый мяч за клуб, поразив ворота неаполитанцев[10].
