В основном проект был разработан Институтом Эстонии. Начиная с 2000 года создание и развитие сетевой энциклопедии «Эстоника» финансировалось фондом «Tiigrihppe Sihtasutus» (Фонд «Прыжок тигра»), Фондом развития предпринимательства, Советом по налогу на азартные игры и Посольством Швеции в Эстонии (в рамках проекта посольства «Год Балтийских стран»)[3].
Изначально материалы «Эстоники» были доступны на эстонском и английском языках, в 2010 году была запущена русскоязычная версия[3]. С ноября 2021 года «Эстоника» не функционирует. Институт Эстонии извещал, что это связано с переездом сервера и что он работает над разрешением ситуации[4], однако своё обещание не выполнил.