Штаб-квартира агентства находится в Тиёда, Токио. Имеет шесть региональных административных офисов. Для сбора данных используются четыре морских обсерватории, пять вспомогательных объектов, четыре авиационных метеорологических центра, 47 местных метеорологических обсерваторий и метеорологические спутники. В состав агентства входят исследовательские центры.[2]