Весной 1941 года батальон убыл из места постоянной дислокации 91-й стрелковой дивизии на строительство укреплений в Прибалтике. К моменту начала боевых действий в дивизии был сформирован новый сапёрный батальон, также получивший номер 160.
Батальон прибыл 25 апреля 1941 года в Калварию[1]. С началом боевых действий отступает от границы, с июля 1941 года действует в составе 27-й армии.
Директивой Начальника Генерального штаба Красной армии № 002926 от 12 октября 1941 года расформирован, личный состав обращён на укомплектование 210-го отдельного сапёрного батальона.