Армия была вновь воссоздана из Штаб-квартиры в Албании 1 июня1943 года. После перемирия Италии (8 сентября) и объявления Италией войны Германии (13 октября 1943), 9 армия переходит на сторону антигитлеровской коалиции, часть солдат была разоружена немцами. Немалая часть армии в составе нескольких дивизий присоединились к албанским и югославским партизанам. Наибольшую известность приобрёл партизанский отряд «Антонио Грамши».