Авиакомпания была основана в июне 2004 года и начала свою деятельность 15 ноября 2004 года. Первый международный рейс был совершён 15 мая 2007 года по маршруту Янгон—Бангкок[5]. Вторым международным рейсом авиакомпании стал рейс в Сингапур[6].
Air Bagan и её материнская компания Htoo Group of Companies участвовали в устранении последствий циклона Наргис[7].
В августе 2015 года Air Bagan объявила, что временно приостанавливает все полеты. Все рейсы выполнялись её партнёром по код-шерингуAsian Wings Airways, которая также принадлежит Htoo Trading Co. Ltd[8]. Окончательно авиакомпания приостановила свою деятельность в августе 2018 года[1].
25 декабря 2012 года Fokker 100 авиакомпании Air Bagan совершил жёсткую посадку возле аэропорта Хайхо[англ.]. Погибли 2 человека[11][12].
В июле 2015 года ATR 72 авиакомпании Air Bagan выкатился за пределы взлётно-посадочной полосы в аэропорту Янгона. Один человек получил незначительные травмы[13].
AIR BAGAN's HUMANITARIAN WORK(англ.). www.airbagan.com (13 октября 2008). Дата обращения: 6 января 2022. Архивировано из оригинала 13 октября 2008 года.