После запуска Magical Defrag полностью работает в фоновом режиме, не занимая рабочую область и панель задач.
Утилита работает как сервис, не мешая работе пользователя, то есть приостанавливает свой анализ и дефрагментацию файловой системы и возобновляет свою работу только тогда, когда компьютер находится в простое, беря на себя всю рутинную работу, тем самым повышает со временем производительность системы в несколько раз.