Опубликовал многочисленные работы по ботанике. Его труд «История растений» (фр.Histoire des plantes) выдвинул автора в число лучших ботаников того времени.
Diploglottis cunninghamii. Ботаническая иллюстрация из книги Байона Dictionnaire de botanique, том 2. Париж, Hachette, 1886.
Труды
Henri Ernest Baillon: Adansonia, recueil priodique d’observations botaniques. Paris, 1866—1870 (10 томов) (фр.)
Henri Ernest Baillon: Dictionnaire de botanique. Paris, 1876—1892 (4 тома) (фр.)
Henri Ernest Baillon: tude gnrale du groupe des Euphorbiaces. 1858 (фр.)
Henri Ernest Baillon: Histoire des plantes. 1866—1895 (13 томов) (фр.)
Henri Ernest Baillon: Histoire naturelle des plantes de Madagascar. (3 тома) (фр.)
Henri Ernest Baillon: Iconographie de la flore franaise. 1885—1894 (фр.)
Henri Ernest Baillon: Recherches organogniques sur la fleur femelle des Conifres. 1860 (фр.)
Henri Ernest Baillon: Recherches sur l’organisation, le dveloppement et l’anatomie des Caprifoliaces. 1864 (фр.)
Henri Ernest Baillon: Trait de botanique mdicale cryptogamique. 1889 (фр.)
Henri Ernest Baillon: Trait de botanique mdicale phanrogamique. 1883—1884 (фр.)
Burkhardt L. Henri Ernest Baillon // Verzeichnis eponymischer Pflanzennamen — Erweiterte Edition : [нем.] = Index of Eponymic Plant Names — Extended Edition = Index de Noms ponymiques des Plantes — dition augmente. — Berlin : Botanic Garden and Botanical Museum Berlin : Freie Universitt Berlin, 2018. — S. [28] (Teil 2). — [1—1220] (Teil 1), [1—1296] (Teil 2) S. — ISBN 978-3-946292-26-5. — doi:10.3372/epolist2018.