Иоганн Кристиан Микан родился 5 декабря1769 года в городе Теплиц в Австрии (ныне — Теплице, Чехия) в семье ботаника Йозефа Готтфрида Микана (1743—1814). Учился медицине в Пражском университете, в 1793 году стал доктором медицины. Несколько лет Микан работал врачом, затем стал изучать ботанику и энтомологию. В 1796 году он был назначен профессором ботаники Пражского университета, в 1800 году стал профессором общей биологии.