Однолетнее или двулетнеетравянистое короткокорневищное растение с одиночными или многочисленными, прямостоячими, ветвистыми стеблями высотой 15—100 см. Стебли и листья опушены короткими, прижатыми, вниз направленными волосками. Листья в очертании широкояйцевидные, до основания рассечённые на 3 дольки.
Цветки собраны в расставленные мутовки, образующие длинное соцветие. Цветение в июне—августе, плоды созревают в августе—сентябре.
Пустырник сибирский: информация о таксоне в проекте «Плантариум» (определителе растений и иллюстрированном атласе видов). (Дата обращения: 14 апреля 2019)