Рейсы выполнялись на двух самолётах Saab 340A (3X-GED, 3X-GEJ). [6]
На 2008 год авиакомпания обеспечивала большую часть внутренних перевозок.[7]
В феврале 2013 года авиакомпания признала задолженность перед организацией Aroports du Mali в размере 75,5 миллионов западноафриканских франков и должна была погасить её до 12 марта 2013 года. Однако под руководством временного генерального директора Дауды Дембеле в Aroports du Mali не применялись процедуры мониторинга и взыскания долгов. Поэтому до 30 сентября 2017 года авиакомпания Mali Air Express не производила выплат по задолженности.[8]