Воспитанник «Бенфики». За родную команду провел всего одну игру. Большую часть времени Мануэл Жозе отыграл в низших лигах. Завершил свою карьеру полузащитник в команде «Спортинг» (Эшпинью). В ней же он начал свою тренерскую деятельность. На родине специалист работал со «Спортингом», «Бенфикой», «Боавиштой» и «Брагой». Много лет специалист успешно работал за рубежом. Под его руководством египетский «Аль-Ахли» трижды побеждал в африканской Лиге чемпионов и четырежды становился чемпионом страны. В 2006 году Мануэл Жозе привел свою команду к бронзе на клубном чемпионате мира ФИФА. Таким образом, «Аль-Ахли» стал первым африканским коллективом, завоевавшем медали на этом межконтинентальном турнире. Именно португальский тренер достиг с египтянами рекордной беспроигрышной серии в 55 матчей.[1] Помимо клубной работы, наставник возглавлял сборную Анголы.[2]
В 2015 году Мануэл Жозе претендовал на звание лучшего португальского тренера столетия, но уступил его Жозе Моуринью.[3]