PubChem состоит из трёх основных динамично развивающихся баз данных. По состоянию на 2 октября 2015 года:
Соединения (PubChem Compounds) — более 60 миллионов записей[3] (31 миллион в 2011 году). Содержит описания различных химических соединений.[4]
Вещества (PubChem Substance) — более 157 миллионов записей[5] (75 миллионов в 2011 году). Содержит описания образцов смесей из различных источников и ссылки на результаты биологического скрининга, которые доступны в PubChem BioAssay. Если химический состав образца известен, описание включает ссылки на PubChem Compounds.[6]
Биопробы (PubChem BioAssay) — результаты биологической активности более миллиона[7] программ высокопроизводительного виртуального скрининга.[8]
PubChem Substance Results (неопр.). The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Дата обращения: 2 октября 2015. Архивировано 6 декабря 2010 года.
PubChem Substance; (неопр.). The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Дата обращения: 2 октября 2015. Архивировано 13 октября 2015 года.